Сериал Новая школа императора повествует зрителям о приключениях молодого императора по имени Кузко, который правит одной вымышленной страной, напоминающей нам Перу времен инков (все это можно узнать из фразы Кронка «...сотрёт город с лица Перу», которые отчетливо прозвучали в одной из первых серий, можно понять, что события действительно происходят в Перу, также в какой-то из серий Кронк произнес фразу «...Я не с вас, инков» или где Кузко в самом начале серии «Измабот» произносил фразу «Достижение инков на строительстве...», также и в одной из серий на «Каракулях» появляется великий бог инков по имени Виракуче. Властолюбивая и злая колдунья Изма, претендующая на великий императорский трон, вместе с своим помощником Кронком, попытается помешать Кузко пройти свое обучение в школе, чтоб она стала великой императрицей, потому что, если юный Кузко пройдёт школу, то он станет императором. И в результате, главный персонаж сталкивается со множеством различных проблем, которые ему предстоит порешать с помощью своих отважных друзей — семейства Панчи, доброй девушки по имени Мэлены и всё того самого Кронка.